伊自良南小学校の歴史は次のようである。

明治　６年(1873)　３月　浚明学校（しゅんめいがっこう）と称し開校。

明治２４年(1890)１０月　濃尾大地震により校舎倒壊。明治２５年３月まで休校となる。

明治２５年(1891)　４月　大森尋常小学校と称す。

明治３２年(1899)　４月　大森高等小学校、併設される。

明治４３年(1910)　４月　大森尋常高等小学校と称す。

昭和　２年(1927)　４月　下伊自良尋常高等小学校と称す。

昭和１６年(1941)　４月　下伊自良国民学校と改称。

昭和２２年(1947)　４月　下伊自良小学校と改称。

昭和３０年(1955)　４月　伊自良南小学校と改称。

明治２４年には、伊自良村を横断する根尾谷断層を中心とする濃尾大地震により、村内の建物をはじめ、学校も倒壊する。 このような災害にも負けず、以後たくさんの児童を育ててきた。 昭和３０年(1955)、村内の合併により、伊自良南小学校と改称して、現在まで１２８年の歴史がある。

伊自良地域には、縄文の時代から人が住んでいる。大門地区には古墳群があり、その足跡が見られる。 三方を山に囲まれ、村の真ん中に伊自良川が流れている自然豊かなところである。昔からの生活を守りつつ、今の時代を見越した生活が営まれている。 最近は、新しい家が建ちはじめ、岐阜市のベッドタウンとして注目されはじめている。 児童数も、年々増えています。

学校の教育目標「やさしく　かしこく　たくましく」のもと、本校は道徳の研究を継続して行ってきた。 また、ＡＥＴによる国際理解教育、平成８年度にはコンピュータの本格的な導入（２１台）により、情報教育にも取り組みはじめた。平成９年度は特別教室の増築工事が始まり、新しい時代を見越した学校作りが始まっている。